1949년 봄, 한밤중에 수도원 주교 아빠스와 교장 신부, 수도자들이 연행됐고, 덕원신학교는 강제 폐쇄됐다. 막 차부제품을 받은 윤 대주교는 주변의 사제들이 사라지는 일을 목격했다. 윤 대주교는 당시 상황을 “공산당이 시시각각 초를 다퉈 교회의 목을 조르고 있었다”고 설명한다. 이에 평양교구 존립을 위해 1950년 1월, 목숨을 걸고 38선을 넘은 윤 대주교는 월남한 지 두 달 만에 덕원신학교 동기인 장선흥(라우렌시오) 부제와 함께 사제품을 받았다.

북한군에게 점령당했던 수도 서울을 1950년 9월 28일, 한국군과 유엔군이 탈환했다. 승리의 군가를 부르며 북으로 향한 유엔군과 국군. 윤 대주교도 메리놀 외방 전교회 패트릭 클리어리 신부 일행과 함께 평양으로 향했다.

몇 년 만에 다시 찾은 진남포본당에서 윤 대주교는 공산당의 핍박 속에서도 믿음을 잃지 않고 성당을 지킨 교우들과 만났다. 감동의 눈물, 그리고 결연한 표정으로 윤 대주교를 맞이했던 교우들은 그날 이후로 다시 볼 수 없었다.

이후 다시 서울로 돌아온 윤 대주교는 1963년 주교로 수원교구장 주교로 서품됐고, 이후 서울대교구장 서리를 거쳐 1973년 광주대교구장에 임명되며 대주교로 승품됐다.

한반도의 격동기를 겪은 윤 대주교는 자신의 삶을 “하느님 안에서 살아온 삶”이라고 말한다. 고향을 떠나 죽을 고비를 넘기고, 남한에서 하느님의 복음을 선포하는 사제로 쉼 없이 걸어온 윤 대주교의 삶은 인간으로서는 알 수 없는 하느님의 섭리가 무엇인지 깨닫게 한다.

윤 대주교는 책을 마무리하며 이렇게 전한다.

“나의 고향 진남포, 그리고 신학교가 있었던 함경남도 덕원군은 올해도 가지마다 푸른 잎을 달고 나뭇가지는 하늘로 자라고 있을 것입니다. 북한 지역의 교우들의 믿음도 그렇게 자라고 있을 것이라 믿습니다. 북녘 하늘 아래서 하느님을 찾는 교우들 역시 우리와 한 형제라는 사실을 결코 잊어서는 안 될 것입니다.”