이스라엘 박물관에서 가장 눈에 띄는 곳이 ‘성서의 전당’(The Shrine of the Book)이다. 이 건물은 쿰란 문서(Qumran scrolls)를 담았던 항아리 형태를 하고 있다. 외관은 항아리 뚜껑 형상으로 지어졌는데, 주변에서 물을 뿜어 마치 분수대처럼 보인다. 또 전당의 3분의 2는 지하에 묻혀있고 나머지만 지상으로 나와 있어 매우 낮은 인상을 준다.

전당 안의 통로와 전시실도 쿰란 문서가 발견된 동굴처럼 만들었다. 통로 곳곳에는 문서를 담았던 항아리와 잔, 접시와 등잔 등을 전시해 쿰란 공동체의 생활상을 보여준다. 전당의 한가운데 둥근 전시대가 있고 그 안에 세계에서 가장 오래된 성경 사본인 쿰란 문서가 전시돼 있다.

쿰란 문서는 1947~1956년까지 사해 북서 연안의 쿰란 주변 11개 동굴에서 발견된 850여 종류의 수사본이다. 20세기 최대의 고고학적 발견이라 불리는 이 문서는 1947년 봄 베두인족 목동에 의해 우연히 발견됐다. 그는 쿰란 근처에서 가축을 돌보던 중, 잃어버린 염소를 찾다가 동굴에서 항아리 속에 든 두루마리를 발견했다. 이 첫째 동굴에서는 이사야서, 공동체 규칙서, 전쟁 규칙서, 찬양 시편, 하바꾹 주해, 창세기 외경 등의 문서가 발견됐다. 그 후 1956년까지 고고학자들과 베두인들이 11개 동굴에서 다양한 문서들을 추가로 찾았다. 쿰란 문서는 파피루스나 양피지에 쓰였다. 대부분의 문서는 히브리어나 아람어로 쓰였으며 그리스 문서도 있었다. 이 문서는 기원전 3세기 혹은 2세기 초에서 서기 1세기 초반 사이에 필사된 것으로 밝혀졌다. 쿰란에서 발견된 구약성경 사본은 성경의 형성과 본문의 역사 연구에 매우 중요한 자료다. 또한 이 문서는 요한 세례자와 예수, 초대 그리스도교 공동체와 신약성경 연구를 위해 귀중한 자료로 평가된다.