교회와 국가와의 관계에 있어서 또 다른 하나의 형태는 정교 분리형태다. 이 법적관계는 국가편에서 그 어떤 종교도 공식적 국가 종교로 취하지 않는다는 것이다. 그리고 그 국가에 존재하는 종교들은 그 국가의 공법에 예속되어야 하는 사법(私法)에 의한 단체들일 뿐이다.

그렇지만 종교자유에 관한 권리는 항상 인정된다. 대표적인 나라는 바로 미국일 것이다. 1791년 미국 의회는 어떤 종교의 경배를 금지하거나 설정하는 그 어떠한 법률도 반포할 수 없음을 확정하였다. 미국에 있어서 교회와 국가와의 관계는 분리주의 형태를 지닌다. 그러므로 미국은 종교를 종교 단체란 것 때문에 우대하지 않는다. 하지만 종교단체들이 비영리단체인 만큼 면세혜택을 준다.

정교 분리형태의 나라들에 있어서 비록 그 나라의 국가법이 특정 종교를 자신의 국가 종교로 인정하지 않고 그 어떤 종교문제도 국가 공법상에서 사립 단체적 성격으로 취급한다고 하더라도 교황청과 그 국가와의 관계는 별개의 문제로 다루고 있는 것도 생각해 볼 만하다. 미국과 교황청은 1848년부터 1867년까지 외교관계를 유지하고 있었으나 당사자들 사이의 여러 문제들로 인하여, 특히 미국이 헌법상 분리주의를 주장하였기 때문에 그 관계가 단절되었다가 1984년에 비로소 정상급 외교관계를 회복하였다. 물론 1939년부터 1950년까지 교황청에 미국 대표로서 마이론 테일러가 일했던 일도 있지만 그는 국제법상의 외교적 관계 안에서 역할을 수행한 것은 아니었다. 그렇다고 비효율적 임무를 수행한 것도 물론 아니었다.

미국에서 가톨릭교회와 국가와의 관계는 외교관계를 서로 다시 회복하던 1984년까지 미국 주교회의(National Catholic Conference of Gishops:NCCB)가 대신하기도 하였다. 물론 미국 주교회의는 교회법상의 단체이지만 그러한 교회법상의 단체를 국가법에서 인정받기 위해 미국 주교단은 미합중국 가톨릭연합(United States Catholic Conference : USCC)을 창립하여 동일한 주교들이 회원으로 활동하면서 특별히 국가법과 관련된 문제들에 있어서 행정적·사법적 측면에서 활동을 하였다.

다음으로 정교분리 형태의 대표적 국가는 프랑스다. 프랑스는 1905년과 1915년 사이에 정교 분리원칙에 입각한 헌법을 제정하였고, 소원해진 교회와 국가와의 관계는 1921년 교황청과 프랑스 정부와 그 외교관계를 통해 다시 정상화됐다.

철저하게 정교 분리주의 형태를 띠고 있기는 하지만 프랑스는 일부지역, 특별히 알삭스 지역과 모젤지역은 나폴레옹 시절 체결한 교회와 국가간의 정교조약이 아직도 유효하다. 그 조약의 내용은 주로 주교임명에 관한 것과 스트라스부룩의 신학과 문제와 경배를 위한 기금 조성기구등에 관한 내용들을 골자로 하고 있다.

세 번째 경우는 멕시코다. 1917년 제정된 멕시코 헌법은 아주 분명한 방식으로 반가톨릭 방식들로 교회를 압박하고 있었다. 1991년에 비로소 교황청과 멕시코 정부는 외교관계를 정상화하였으며 그 동안 교회를 위한 대정부 대화업무는 멕시코 주교회의가 교황청과 함께 일해 왔었다.