1827년 전라도에서 정해박해가 시작되자 복자는 그 소식을 듣고 피신할 준비를 하고 있었다. 그런데 전주에서 파견된 포졸들이 복자의 집에 들이닥쳤다. 박해 중 복자가 전주지역 신자들에게 나눠준 교회 서적이 발각됐고, 박해자들이 복자의 거주지까지 입수하게 된 것이다.
복자는 전주로 압송돼 문초와 형벌을 받았다.
복자는 관장에게 “사교를 믿지 않고 다만 천주의 교를 따를 뿐”이라면서 “순경에 있을 때에는 왕을 섬기다가 역경에 처해서는 왕명을 어기는 자가 있다면 그는 비겁한 자요, 모든 것이 순조로울 때만 진리를 따르고 어려운 세월을 당하면 그것을 버리는 자는 그보다 더 비겁한 자”라고 말했다. 이어 관장에게 “법대로 처리하라”면서 자신은 “신념에 따라 행동하겠다”고 했다.
복자는 12년 동안 감옥생활을 버티며 샤스탕 신부의 명에 따라 자신이 박해를 받으며 겪은 일을 기록해 ‘옥중수기’를 남겼다. 복자의 수기는 당시 옥중 생활을 상세하게 기록하고 있을 뿐만 아니라 관리들이 신자들에게 어떤 편견을 가지고 있었는지, 복자가 얼마나 깊은 신앙을 가졌는지도 알 수 있는 자료다.
복자의 옥중수기에 따르면 복자는 다리 살이 헤어져 뼈가 드러나 보였고, 상처가 곪아 심한 악취가 풍겨 복자 주변에 사람들이 가까이 올 수 없을 정도로 심한 형벌을 받았다. 12년에 걸친 지독한 옥살이 중 때때로 마음이 약해지기도 했지만, 신앙심으로 이를 극복했고 교회 서적과 동료들이 있는 곳에 관해 한마디도 꺼내지 않았다.
복자는 1839년 기해박해가 일어난 뒤에야 참수형으로 처형됐다. 복자의 순교일은 1839년 5월 29일로 당시 그의 나이는 70세가량이었다.